Método de análisis nuevo utiliza la secuenciación y el análisis metagenómicos para detectar la COVID-19 e identificar nuevas variantes del SARS-CoV-2

Jumpcode Genomics (San Diego, CA, EUA), una empresa de plataforma de tecnología del genoma, centrada en mejorar la comprensión de la biología humana, inició una colaboración con el Instituto de Investigación de Genómica Traslacional (TGen; Phoenix, AZ, EUA) para ayudar en las investigaciones sobre la epidemiología genómica del SARS-CoV-2, el virus que causa la COVID-19. Jumpcode y TGen han validado soluciones integrales novedosas y servicios clínicos que aprovechan la secuenciación y el análisis metagenómicos para facilitar la detección de la COVID-19 y otras enfermedades infecciosas; todo hecho muy eficiente mediante el uso de la tecnología CRISPRclean de Jumpcode.

Jumpcode combina tecnología basada en CRISPR con secuenciación de próxima generación para eliminar secuencias no deseadas, aumentando así la sensibilidad y permitiendo una secuenciación más eficiente y rentable. Este método permite a los científicos obtener mejores datos, extraer información más relevante sobre la naturaleza de una infección y, en última instancia, identificar aspectos únicos de una infección que, de otro modo, no hubieran detectado. TGen ensaya el potencial de los reactivos de agotamiento mediados por CRISPRclean de Jumpcode en combinación con tecnologías de laboratorio, incluidos protocolos para realizar un ensayo de diagnóstico utilizando los reactivos CRISPRclean y algoritmos para analizar los datos de secuencia metagenómica resultantes. Se planean estudios clínicos y epidemiológicos prospectivos ampliados para demostrar la utilidad del ensayo de diagnóstico en las pruebas de rutina de los pacientes para detectar enfermedades infecciosas.

Algunos aspectos del método adoptado por Jumpcode y TGen fueron validados recientemente utilizando un conjunto de muestras de referencia en las que se conocía el estado y la gravedad de la infección. Ahora, los investigadores de TGen estudian muestras de COVID-19 previamente evaluadas mediante pruebas de PCR para evaluar la sensibilidad y especificidad del diagnóstico metagenómico frente a las pruebas basadas en PCR estándar. Los investigadores de TGen también pudieron identificar posibles coinfecciones en individuos que también tienen una infección por SARS-CoV-2.

“La secuenciación genómica del SARS-CoV-2 puede desempeñar un papel vital en el diagnóstico de infecciones, la identificación de nuevas variantes del virus y de los virus relacionados y el seguimiento de la propagación de cepas existentes, así como informar los esfuerzos de salud pública para prevenir futuros brotes de enfermedades infecciosas”, dijo Nicholas Schork, Ph.D., profesor distinguido y director de la División de Biología de Sistemas y Medicina Cuantitativa de TGen. “Al utilizar la tecnología CRISPRclean de Jumpcode para mejorar la secuenciación metagenómica, no solo podemos detectar una infección por SARS-CoV-2, sino también cualquier coinfección y/o respuestas asociadas del huésped humano a la infección”.

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Jumpcode Genomics
Instituto de Investigación de Genómica Traslacional