Secuenciación genómica de infección por SARM predice gravedad de la enfermedad

Se evaluó la adhesión bacteriana a la fibronectina y el fibrinógeno humano y se calcularon las bacterias adherentes utilizando el método de cristal violeta y la absorbancia medida a A595 usando un lector de placas de microtitulación. La toxicidad de los aislados individuales fue analizada de tres formas.

Se estudió la identificación de la variación genética en los aislados clínicos utilizando bibliotecas únicas de índice de etiquetado creadas para cada muestra y se secuenciaron hasta 12 bibliotecas independientes en cada uno de los ocho canales en las células del analizador Genome Analyzer GAIIx (Illumina; San Diego, CA, EUA) con 75 lecturas de pares de bases finales.

Los autores encontraron que mediante el uso de las secuencias de todo el genoma a partir de 90 aislados de SARM fueron capaces de identificar más de 100 loci genéticos asociados a la toxicidad y, a pesar de pertenecer al mismo clon ST239, los aislados variaron en mucho con respecto a la toxicidad. Es importante destacar que los aislados altamente tóxicos compartieron una firma genética común. Mediante el estudio de esta firma en el genoma del SARM, los investigadores fueron capaces de predecir cuáles aislados eran los más tóxicos y por lo tanto más propensos a causar una enfermedad grave cuando se utilizaron para infectar a los ratones.

Ruth C. Massey, PhD, autora principal del estudio, dijo: “A medida que el costo y la velocidad de la secuenciación del genoma disminuye, se hace cada vez más factible secuenciar el genoma de un organismo infeccioso. En un entorno clínico, la secuenciación puede ser útil para decidir el tipo de tratamiento para el SARM. Por ejemplo, un médico puede tratar una infección altamente tóxica más agresivamente, incluyendo la formulación de ciertos antibióticos conocidos para reducir la expresión de la toxina. El paciente también puede recibir un seguimiento más de cerca en busca de las complicaciones y aislarlo de los demás para ayudar a controlar la propagación de la infección”. El estudio fue publicado el 9 de abril de 2014, en la revista Genome Research.


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